プロジェクト

計算機アーキテクチャの研究に軸足をおいて、 計算する対象に合わせたハードウェアを構成することで、 ソフトウェアによる処理よりも高い性能を実現する reconfigurable computing や custom computing と呼ばれる分野で研究を行っています。

また、この分野は計算機科学のなかでも特にアプリケーションとの関わりが重要だと考え、数値計算流体力学やゲノム科学などの研究にも積極的に関わるようにしています。

やっていること

• 計算機科学
  • FPGAを用いた科学技術計算
    • 生化学モデルのシミュレーション
    • 数値計算流体力学の高速化
    • これらに関連した演算パイプラインの自動生成・最適化手法
    • メモリアクセスや、複数のFPGAを用いる場合の回路分割手法
• 生命科学
  • Murasaki: 複数生物種のゲノム配列から高速に共通部分配列を抽出するソフトウェア
    • GMV: Murasakiのための可視化ツール
    • nmny: Murasaki のデータを用いる比較ゲノムブラウザ
    • tmurasakix: Murasakiを用いた全ゲノムアミノ酸配列比較ツール
  • 納豆菌ゲノムプロジェクト