生命科学
Murasaki という多種間全ゲノム比較解析ツールと、その可視化ツールである GMV を作っていました。開発はだいたい終わったので、 近頃はそれを使って、NGS で読んだ 納豆菌の比較ゲノムアセンブリ をしたり、全ゲノムをアミノ酸に translate して比較するツール (tmurasakix) を作ったり、 いろいろなことをしています。
ソフトウェアの配布
- Murasaki の非公式バイナリ版 (MacOS X 用)
- 公式配布ではないので自己責任でご利用ください。
- version 1.68.6 (for Mountain Lion: Feb.24, 2015 build)
- Intel 64bit 専用。Moutain Lion 以降なら Yosemite でも動くはずです。
- tmurasakix: Murasaki を使って、全ゲノム規模でアミノ酸配列比較を行うためのツール
- 塩基配列を入力として6つのreading frameすべてについて比較を行います。
- なんとなく作ってみたツールですが、じわじわ流行中という噂。
- 生物学的な意義については注意して使う必要がありそうですが、意外といい感じなのではないかと思います。
- GMV: Murasaki 用の可視化ツール
- Mac版 (For Mountain Lion and later: Feb.24, 2015 build)
- Murasaki の出力にアノテーションなどの情報をのせて表示します。
- これも最初はノリで作ってみたツールですが、比較ゲノムブラウザとしていろいろな方にお使いいただいてます。
- でも遅くて若干不安定気味なので、いま完全書き直し版を開発中です。
- nmny: GMV の Web 版
- WebGL を使った比較ゲノムブラウザ
古い配布物
- Murasaki
- version 1.68.5 (for Leopard)
- MacOS X Leopard, Snow Leopard で動作します。Universal + 32/64bit で動きます。
- OS Xに載っているOpenMPI対応。mpirun を使えば並列で走ります。
- version 1.68.5 (for Leopard)